温州机场综合交通中心位于机场T2航站楼西侧,总建筑面积约30万平方米,由地下和地上两部分组成。其中,地下部分温州轨道交通S1线、温州轨道交通S2线机场站已于2019年9月28日顺利通车,成为全省首个实现航空与轨道零换乘的综合交通枢纽。
地上部分建筑面积约21万平方米,设置了长途客运站和紧密连接航空、高速公路、城市轨道、BRT、城市公交、高速铁路等交通运输方式的换乘设施。同时,地上建筑还设有五星级酒店、商务办公、餐饮休闲、旅游体验等综合服务功能,并尝试在二、三层导入航空值机和自助行李托运系统。